NAT MED | ວິທີການທີ່ຫຼາກຫຼາຍຂອງ omics ໃນການສ້າງແຜນທີ່ປະສົມປະສານ

NAT MED | ວິທີການຫຼາຍ omics ທີ່ຈະສ້າງແຜນທີ່ປະສົມປະສານ, ພູມຕ້ານທານແລະພູມສັນຖານດ້ານຈຸລິນຊີຂອງມະເຮັງລໍາໄສ້ໃຫຍ່ສະແດງໃຫ້ເຫັນການໂຕ້ຕອບຂອງ microbiome ກັບລະບົບພູມຕ້ານທານ
ເຖິງແມ່ນວ່າຊີວະປະຫວັດສໍາລັບມະເລັງລໍາໄສ້ໃຫຍ່ໄດ້ຖືກສຶກສາຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນຊຸມປີມໍ່ໆມານີ້, ເຖິງແມ່ນວ່າຄວາມຜິດປົກກະຕິໃນການສ້ອມແປງ metichch (MSI). ນັກຄົ້ນຄວ້າໄດ້ຍົກໃຫ້ເຫັນການຂາດສະມາຄົມລະຫວ່າງການຕອບສະຫນອງພູມຕ້ານທານໂດຍອີງໃສ່ພູມຕ້ານທານ, ແລະ stroma tuma ໃນ Atlas Genome (TCGA) Colorral Calhort ແລະຄວາມຢູ່ລອດຂອງຄົນເຈັບ.

ໃນຖານະເປັນການຄົ້ນຄວ້າມີຄວາມຄືບຫນ້າ, ມະເລັງປະລິມານປະຖົມ, ລວມທັງລັກສະນະເປັນມະເລັງ, ແຕ່ວ່າມັນຍັງມີຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບຜົນໄດ້ຮັບຂອງພວກເຂົາທີ່ມີຜົນກະທົບຕໍ່ຜົນໄດ້ຮັບຂອງພວກເຂົາ.
ການແຈກຢາຍຄວາມສໍາພັນລະຫວ່າງຄວາມສັບສົນແລະຜົນໄດ້ຮັບຂອງນັກຄົ້ນຄວ້າທີ່ມີຄຸນລັກສະນະປະສົມປະສານໂດຍການປະຕິເສດດ້ານການເງິນຈຸລະພາກແລະການປະຕິເສດຂອງພູມຕ້ານທານ (ICR). ທີມງານໄດ້ປະຕິບັດການວິເຄາະແບບ Genomic ທີ່ສົມບູນແບບຂອງຜູ້ປ່ວຍທີ່ມີຄວາມສຸກແລະການສືບພັນທີ່ມີສຸຂະພາບແຂງແຮງ, ມີການເພີ່ມເຕີມ ການສຶກສາໄດ້ຖືກເຜີຍແຜ່ໃນການແພດທໍາມະຊາດເປັນ "ເນື້ອງອກທີ່ມີພູມສັນຖານ, ພູມຕ້ານທານແລະຈຸລິນຊີທີ່ເປັນພູມຕ້ານທານແລະຈຸລິນຊີ.

ບົດຂຽນທີ່ເຜີຍແຜ່ໃນຢາທໍາມະຊາດ

ພາບລວມ ac-icam

ນັກຄົ້ນຄວ້າໄດ້ໃຊ້ເວທີ Genomogonal Genomogy ເພື່ອວິເຄາະເນື້ອງອກຂອງ colon ທີ່ມີຄວາມສຸກຕິດກັນສົດ (ເນື້ອງອກ - ຄູ່) ຈາກການກວດຫາໂຣກມະເລັງໂດຍບໍ່ມີການປິ່ນປົວຂອງລໍາໄສ້. ອີງໃສ່ການຢຸດງານທີ່ມີຄວາມຫມາຍທັງຫມົດ (Wes), ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂອງ RNA-SEQ, ແລະການຄັດເລືອກ Genomic ທີມງານຄົ້ນຄ້ວາມີຊື່ວ່າຊັບພະຍາກອນນີ້ Sidra-Lumc ACAAM: ແຜນທີ່ແລະນໍາພາການໂຕ້ຕອບກັນຂອງຈຸລິນຊີທີ່ເປັນມະເລັງ - ຈຸລິນຊີພູມຕ້ານທານ (ຮູບ 1).

ການຈັດປະເພດໂມເລກຸນໂດຍໃຊ້ ICR

ການຈັບພາບເຄື່ອງຫມາຍການຜະລິດພູມຕ້ານທານຂອງພູມຕ້ານທານຂອງພູມຕ້ານທານຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ ,,,,,,,,,,,,,,,,, ລວມທັງການເປັນມະເລັງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ ICR ຍັງມີສ່ວນກ່ຽວຂ້ອງກັບການຕອບໂຕ້ພູມຕ້ານທານໃນປະເພດມະເຮັງທີ່ຫຼາກຫຼາຍ, ລວມທັງໂຣກມະເຮັງເຕົ້ານົມ.

ຫນ້າທໍາອິດ, ນັກຄົ້ນຄວ້າໄດ້ຮັບລາຍເຊັນ icr ຂອງ ac-icam cohort, ໂດຍໃຊ້ເຄື່ອງຍ່ອຍຂອງ icr ນັກຄົ້ນຄວ້າໄດ້ລັກລອບເອົາພື້ນທີ່ພູມຕ້ານທານທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບບັນດາໂມເລກຸນໂມເລກຸນ (CMS), ການຈັດປະເພດທີ່ອີງໃສ່ການເປັນມະເຮັງລໍາໄສ້. ປະເພດ CMS ລວມມີ CMS1 / CMS2 / CMS2 / CREONICAL, CMS3 / EMOBOLIC ແລະ CMS4 / MesehymyMal. ການວິເຄາະສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າຄະແນນ ICR ແມ່ນມີຄວາມສໍາພັນໃນແງ່ລົບກັບເສັ້ນທາງ CRSROS CONS CEERTRESS ໃນທຸກເສັ້ນທາງແລະເສັ້ນທາງທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພູມຕ້ານທານໄດ້ຖືກສັງເກດເຫັນໃນເນື້ອງອກຂອງ CMS4 ເທົ່ານັ້ນ.

ໃນ CMS ທັງຫມົດ, ຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງຕົວຕະກອນ killer ທໍາມະຊາດ (NK) ທີ່ສູງທີ່ສຸດໃນລະດັບຄວາມສູງຂອງ ICR.

ຮູບທີ 1. ການອອກແບບ AC-ICAAM, ACCEM ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພູມສັນຖານ, ເຂດພູມຕ້ານທານແລະໂມເລກຸນຍ່ອຍແລະຄວາມຢູ່ລອດ.
ICR ຈັບເນື້ອງອກ, ອຸດົມສົມບູນ, ຈຸລັງ t ຂະຫນາດໃຫຍ່ທີ່ກວ້າງຂື້ນ
ມີພຽງແຕ່ຊົນເຜົ່າສ່ວນຫນ້ອຍຂອງຈຸລັງທີ່ແຊກຊຶມເຂົ້າເນື້ອເຍື່ອຫຸ້ມຂອງຈຸລັງໄດ້ຮັບການສະເພາະສໍາລັບ tumor antigens (ຕ່ໍາກວ່າ 10%). ເພາະສະນັ້ນ, ຈຸລັງທີ່ມີເນື້ອງອກສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນໄດ້ຖືກກ່າວເຖິງໃນຈຸລັງທີ່ເປັນຜູ້ທີ່ມີຢູ່ໃນຕູ້ເອເລັກໂຕຣນິກ (ຈຸລັງ ttandander). ການພົວພັນທີ່ເຂັ້ມແຂງທີ່ສຸດກັບຈໍານວນຈຸລັງ t ທໍາມະດາທີ່ມີກະເປົາ TCRS ທີ່ມີຜົນຜະລິດໄດ້ຖືກສັງເກດເຫັນໃນກະເປົາ RNAS & SEQ), ເຊິ່ງສາມາດໃຊ້ເພື່ອປະເມີນຄ່າ subpopulations t (ຮູບ 2a). ໃນບັນດາກຸ່ມ ICR (ລວມທັງຫມົດ), ການຈັດປະເພດທີ່ສູງທີ່ສຸດຂອງ SEQ TCRS SEQ ໄດ້ຖືກສັງເກດເຫັນໃນ ICR-Groupple CMS1 / CMS ການນໍາໃຊ້ຂໍ້ມູນທັງຫມົດ (18,270 ພັນທຸກໍາ), SOCTER-18,270, IFNG, STA1, ERF1, GZMA, GZLO1, ແລະ CXCLE ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ SEQ Clonality (ຮູບ 2D). ການໂຄສະນາທີ່ມີຄວາມສາມາດໃນການພົວພັນກັບ ICRRSEQ ສະຫລຸບລວມແລ້ວ, ການວິເຄາະຂ້າງເທິງຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າລາຍເຊັນ icr ຈັບພາບຂອງເນື້ອງອກ, ຈຸລັງ t ຂະຫຍາຍໃຫຍ່ຂື້ນແລະອາດຈະອະທິບາຍເຖິງຜົນສະທ້ອນຂອງມັນ.

ຮູບທີ 2. ວັດແທກແລະການພົວພັນກັບພັນທຸກໍາຂອງ TCR ແລະມີພູມຕ້ານທານທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພູມຕ້ານທານ, ເຂດພູມຕ້ານທານແລະໂມເລກຸນ.
ສ່ວນປະກອບຂອງຈຸລິນຊີໃນເນື້ອເຍື່ອມະເຮັງທີ່ມີສຸຂະພາບດີແລະລໍາໄສ້ອານານິຄົມ
ນັກຄົ້ນຄວ້າໄດ້ປະຕິບັດການຢຸດງານຂອງ DNA 16s ໂດຍໃຊ້ DNA ທີ່ຖືກສະກັດຈາກເນື້ອງອກທີ່ຈັບໄດ້ແລະເນື້ອເຍື່ອອານານິຄົມທີ່ມີສຸຂະພາບດີຈາກຄົນເຈັບ 246). ສໍາລັບການກວດສອບຄວາມຖືກຕ້ອງ, ນັກຄົ້ນຄວ້າວິເຄາະນອກຈາກການສົ່ງຂໍ້ມູນ RRNA ເພີ່ມຂື້ນອີກ 16 ຄົນຈາກຕົວຢ່າງເພີ່ມເຕີມ 42 ເມັດທີ່ບໍ່ໄດ້ຈັບຄູ່ DNA ທີ່ມີຢູ່ໃນການວິເຄາະ. ຫນ້າທໍາອິດ, ນັກຄົ້ນຄວ້າປຽບທຽບກັບຄວາມອຸດົມສົມບູນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພືດລະຫວ່າງເນື້ອເຍື່ອທີ່ກົງກັບເນື້ອເຍື່ອທີ່ເຫມາະສົມແລະຈຸລັງລໍາໄສ້ດີ. ການເຮັດໃຫ້ກໍາລັງບໍາບັດເຮັດໃຫ້ດີເລີດໄດ້ເພີ່ມຂື້ນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນເນື້ອງອກທຽບໃສ່ຕົວຢ່າງສຸຂະພາບ (ຮູບ 3a-3D-3D). ບໍ່ມີຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ສໍາຄັນໃນຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຕົວຕົນ (ຄວາມຫຼາກຫຼາຍແລະອຸດົມສົມບູນຂອງຊະນິດຫນຶ່ງ) ລະຫວ່າງເນື້ອງອກແລະຕົວຢ່າງທີ່ມີສຸຂະພາບແຂງແຮງທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບເນື້ອງອກທີ່ມີຄວາມສູງ.
ເພື່ອກວດພົບສະມາຄົມທີ່ກ່ຽວຂ້ອງດ້ານຄລີນິກລະຫວ່າງຜົນກໍາໄລດ້ານ Micromical ແລະຜົນໄດ້ຮັບທາງດ້ານການຊ່ວຍ, ນັກຄົ້ນຄວ້າທີ່ມີການນໍາໃຊ້ຂໍ້ມູນ 16s gene Genencing Cance ທີ່ AC-ICAM246, ນັກຄົ້ນຄວ້າໄດ້ເຮັດແບບ OS Cox Regrem STONG STIFS COX ທີ່ມີຄວາມສ່ຽງໃນການຕາຍຂອງ MBR) (ຮູບທີ 3F).
ໃນການຝຶກອົບຮົມນີ້ cohort (Icam246), ຄະແນນ MBR ຕ່ໍາ (MBR <0, MBR Low) ມີສ່ວນພົວພັນກັບຄວາມສ່ຽງທີ່ມີຄວາມສ່ຽງສູງ (85%). ນັກຄົ້ນຄວ້າໄດ້ຢັ້ງຢືນວ່າສະມາຄົມລະຫວ່າງ LOD MBR (ຄວາມສ່ຽງ) ແລະ os ດົນນານ (ຮູບທີ 3) ການສຶກສາໄດ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມສໍາພັນທີ່ເຂັ້ມແຂງລະຫວ່າງ Cocci Cocci ແລະ Mbr, ເຊິ່ງໄດ້ຄ້າຍຄືກັນກັບເນື້ອງອກແລະເນື້ອເຍື່ອຂອງພີ່ນ້ອງທີ່ມີສຸຂະພາບດີ.

ຮູບທີ 3. ຈຸລິນຊີໃນເນື້ອງອກແລະເນື້ອເຍື່ອທີ່ມີສຸຂະພາບດີແລະຄວາມສໍາພັນກັບ ICR ແລະຄວາມຢູ່ລອດຂອງຄົນເຈັບ.
ສະຫຼຸບ
ວິທີການໃນການສຶກສາແບບ MultiCul ທີ່ໃຊ້ໃນການຄົ້ນຄວ້າຂອງໂມເລກຸນຢ່າງລະອຽດໃນການຕິດຕໍ່ພົວພັນກັບຈຸລະພາກມະເຮັງໂລກຢ່າງລະອຽດແລະເປີດເຜີຍການພົວພັນລະຫວ່າງ microbiome ແລະລະບົບພູມຕ້ານທານ. ການຢຸດງານ TCR ທີ່ເລິກເຊິ່ງແລະເນື້ອເຍື່ອທີ່ມີສຸຂະພາບດີໄດ້ເປີດເຜີຍວ່າຜົນກະທົບຂອງ ICR ອາດຈະເປັນຍ້ອນຄວາມສາມາດໃນການຈັບຕົວຂອງມັນ tumor-antigen antigen.

ໂດຍການວິເຄາະສ່ວນປະກອບຂອງ Microbiome ທີ່ໃຊ້ໃນການນໍາໃຊ້ 16s RRNA GENE, ທີມງານໄດ້ກໍານົດຄະແນນ microbiome ເຖິງແມ່ນວ່າລາຍເຊັນນີ້ໄດ້ມາຈາກຕົວຢ່າງຂອງເນື້ອງອກ, ມີຄວາມສໍາພັນທີ່ເຂັ້ມແຂງລະຫວ່າງສຸຂະພາບແລະຄະແນນຄວາມສ່ຽງທີ່ມີສຸຂະພາບແຂງແຮງ. ໂດຍການສົມທົບກັບ ICR ແລະ MBR ACCES, ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະກໍານົດແລະຢັ້ງຢືນຊີວະປະຫວັດທີ່ມີຫຼາຍເຜົ່າທີ່ຄາດຄະເນການຢູ່ລອດໃນຄົນເຈັບທີ່ເປັນໂຣກມະເຮັງລໍາໄສ້. ຊຸດຂໍ້ມູນທີ່ມີຫຼາຍຮູບແບບຂອງການສຶກສາໃຫ້ຊັບພະຍາກອນທີ່ຈະເຂົ້າໃຈຊີວະວິທະຍາມະເຮັງລໍາໄສ້ໃຫຍ່ໄດ້ດີກວ່າເກົ່າແລະຊ່ວຍຄົ້ນພົບວິທີການບໍາບັດສ່ວນບຸກຄົນ.

ເອກະສານອ້າງອີງ:
Rolands, J. , Kuppen, PJK, Ahmed, EI et al. ເນື້ອງອກທີ່ມີປະສົມປະສານ, ພູມຕ້ານທານແລະຈຸລິນຊີຂອງມະເຮັງ Colon. Nat Med 29, 1273-1286 (2023).